故事发生在东京八丈岛近海，希咲一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，希咲来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……
回复 :丁丁看孙悟空大闹天空的动画片正起劲时，关掉电视机来到书桌前认真做起作业来，猴王不满丁丁不将他的精彩表演看完，从电视机里跳出来欲问个究竟，丁丁解释说每天都会按时做功课。猴王不懂何为做功课，丁丁又解释做功课是为学知识，知识就是科学，并讲科学的力量巨大。猴王一听不服，认为世间没有什么力量能大过他，说话间，他因棒打代表科学的“金钥匙”一个不小心进入一道化学工序的流程，幸亏丁丁及时出手，他才没被弄成肉酱。但猴王并没因此甘拜科学下风，丁丁为让他输得口服心服，带上“金钥匙”同他来到外面更为宽广的地方一比高低。
回复 :现代忍者的故事。
回复 :铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
