故事发生在一个名为楢崎町的小镇上，肉漫这是一个拥有着神秘魔法力量的神奇小镇，肉漫在小镇的天空中，永远都挂着一道绚丽的彩虹，而在传说中，神明会实现居住在这个小镇里的人们每人一个愿望。天海春彦（泰勇气 配音）是从小到大都生活自镇上的青年，一天，班上来了一个名为深峰莉子（清水爱 配音）的转校生，让春彦没有想到的是，这个女孩竟然是自己的义妹，他们在年龄很小的时候分开了，想不到命运的红线令两人于此时此刻重逢。莉子的出现让春彦的青梅竹马木之坂雾乃（宫崎羽衣 配音）感到了强烈的危机感，她一直默默的喜欢着春彦。
回复 :柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
回复 :胜改藏（樱井孝宏 配音）曾经是人人羡慕的天才少年，然而，一场意外让他变为了神神叨叨的呆瓜，某日，就读于县立虎马高中的改藏被一尊人体模型砸晕，醒来时发现自己正被一群科学部的同学们团团围住，敏感的他坚信自己已经成为了改造人，于是决定加入科学部，为了保卫世界而和平而展开战斗。名取羽美（喜多村英梨 配音）是造成改藏现状的罪魁祸首，然而，羽美对于自己的所作所为毫不在意。爱财如命的御姐彩园铃（丰崎爱生 配音）、懦弱不幸的坪内地丹（斋藤千和 配音）、身患“绝症”的山田（堀江由衣 配音），在这些千奇百怪的朋友们的陪伴下，改藏的非日常就此展开。
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