来自异次元的种族MU占领了东京，东宫并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，东宫他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
回复 :在23世纪，一座被洪水侵袭的城市，隶属于地下反抗组织的少女舍伍德从父亲那里继承了一只高科技手套，这使她意识到，自己的命运要比以前想象的更加任重道远
回复 :故事发生在遥远的某银河系中，一颗名叫阿斯达穆的行星之上。穆尼斯城因为天空中漂浮着月亮而被称为“月亮之眼”，有朝一日能够登上月球，是所有穆尼斯人心中的梦想。在这里，一种被称为“Big Foot”的机械人十分流行，它可以被用作各个途径，年轻人们则更喜欢将它们运用到一种名为“BFB”的运动竞技比赛之中。丹（下野紘 配音）是生活在罗林镇的平凡青年，和大部分人不同，丹对机械人的存在充满了厌恶，因为丹的妹妹可可（花泽香菜 配音）正是因为机械人而失去了双腿。一次偶然中，丹偶遇了一位名叫米兰达（伊藤静 配音）的少女，米兰达带领丹驾驶着Big Foot，在其中，丹找回了久违的快乐，并且对BFB运动产生了浓厚的兴趣。
回复 :2031年，由于作为次世代能量装置而开发的“量子反应堆”的暴走事故，世界剧变。突然从地下蔓延的闪光，吞噬都市楼群、覆盖大地，最终，超越、融合了生物、机械、植物的未知特异进化生物“B.R.A.I”出现了。7年后，翔龙重生为绝对防卫都市“新翔龙”。它以惊人的速度完成进化，并成为与陷人类于灭亡危机的B.R.A.I相对抗的人类最后的希望要塞。被命运所引导而集合在新翔龙的雷昂、可依、坤灵、道格。将他们迎入防卫军的塞西尔、凯恩、杰、格伦。于是，赌上人类存亡而战的特殊部队“潘多拉”诞生了。契约之时，希望被托付给了他们——
