故事发生在喜马拉雅第三工业高中内，游戏相马镜（赤羽根健治 配音）是一名眼镜爱好者，游戏他对身边任何事物的热爱都无法超越对眼镜的热爱。在升上了高中之后，他顺理成章的组建了眼镜舍，成为了社长，并且热衷于游说各路眼镜男，来加入他这个一听名字就非常可疑的古怪社团。平日里温文尔雅，但经常会突然暴走的镰谷光希（宫田幸季 配音）、非常喜欢吃甜点，做任何事情都温温吞吞的钵岭拓磨（田丸笃志 配音）、看上去不好接近，但个性其实意外的温柔的三锅友纪也（诹访部顺一 配音）、性格大大咧咧，完全无法解读周围气场的木全隼人（木村良平 配音），在社长的努力之下，眼镜舍很快就被这些眼镜男们塞满了。
回复 :黑魔王从星际监狱逃脱了！他魔王重获自由的第一件事，就是直捣星际判官的家，报当年被判入狱之仇，星猫眼睁睁地看着父母在战斗中，掉进无垠的银河深处。为了拯救父母，惩罚黑魔王，星猫决定跟好友小卷，一路尾随黑魔王的足迹来到了地球。
回复 :晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
回复 :阳光明媚的一天，柯南（高山南 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们随同毛利小五郎（小山力也 配音）来到大阪，参加在当地举行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大赛。期间，他们还见到了彼此的好友服部平次（堀川亮 配音）和远山和叶（宫村优子 配音）。就在比赛进行中途，一封爆炸预告信送到电视台，警方迅速行动起来组织疏散。疏散一半时，爆炸突然发生，结果平次与和叶被困在建筑物中。而在一连串的混乱过后，一位皋月杯相关人员的尸体突然出现在众人面前。迷离的案情再度引起柯南的注意……本片根据青山刚昌的超人气漫画改编，系“名侦探柯南系列”第21部电影版。
