故事发生在东京八丈岛近海，日韩一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，日韩来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……
回复 :第1话：勇者王新生第2话：奇迹的传说第3话：破坏神岚的决战第4话：GGG放逐命令第5话：心ANIMUS第6话：勇者王的最后时刻第7话：复活的白色J方舟第8话：许愿星 成愿星第9话：吾名GENESIC第10话：超勇者默示录第11话：超越生命的存在第12话：神话
回复 :黑魔王从星际监狱逃脱了！他魔王重获自由的第一件事，就是直捣星际判官的家，报当年被判入狱之仇，星猫眼睁睁地看着父母在战斗中，掉进无垠的银河深处。为了拯救父母，惩罚黑魔王，星猫决定跟好友小卷，一路尾随黑魔王的足迹来到了地球。
回复 :目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑……
