继续延续上一季的剧情，惊竟原来穆德受了骗，惊竟及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
回复 :神王卸甲，天地动容。滴水之恩涌泉报，断齿之仇头颅还。只为守护一人，纵万水千山惧往已。且看风云激变，神王出山，搅起天地风云，苍天变！
卫诗
回复 :刑事情报高级督察卓凯（苗侨伟 饰）现身泰国曼谷，在当地获得重要情报：九指强与泰国倪坤进行毒品交易。追查之后发现吉运帮黑吃黑将倪坤杀死与九指强进行交易。为寻找吉运帮犯罪证据卓凯与卧底潜入社团窝点后被Pak Key得力手下乐少锋（周柏豪 饰）发现行动，和他们交起手来。逃脱之后卓凯一行人准备离开泰国返回香港时发生一场大爆炸，除了卓凯之外的所有卧底葬身火海。伤心欲绝的卓凯返回香港后面临停职，变得一蹶不振。与此同时香港最大的社团长兴发生内斗，长兴新继任的龙头魏德信（陈豪 饰）以雷厉风行手段剿灭社团的高级头目，其中包括覃欢喜（许绍雄 饰）。然而覃欢喜是长期潜伏在长兴的卧底，面临此番处境，他曾想过向Handler求助调回警察队伍，但妻子突然出事惨死在社团人士手中，令覃欢喜彻底沦入黑道。
回复 :一位普通，无能的教师突然有一天从天上掉了一个10亿元的馅饼，就是为黑社会老大的独生女儿当课外辅导老师，前提是如果孩子出问题，他也没有命。我们每个人经历的第一个大学就是学校，学校是世界的缩小版，也是为各自的目的战斗的地方。在这里我们遇到了不同的人，相互学习，相互竞争，相互讨厌，相互喜欢。有时快乐，有时会想忘却一切，但共同点就是我们在从中成长起来的事实。和成年人的社会一样，在那里也有看不见的阶级，规则，以及战争，但是当我们瞬间抛弃这一切的时候，我们就变成了朋友。随着时间的流逝，我们也许会忘记教科书上的内容，但是书上没有的故事却留在了我们的记忆中。
