在百子成功渡过地表入侵，円城山地基因危机，円城Ari智能危机以及天幕辐射危机的5年后，天空人和小oHeda领导的地表人又回到了地面。在重建家园的时候，意外发现大战前美国国防建立的海底智能化基地由于备用供电终止，浮出水面。在探索后发现，基地并没有幸存者。在修好了供电设备后，天空人进入了海底基地的控制系统，原来这是在冷战时期就开始研发的太空战基地，之所以修在海底是为了安全和保密。海底基地可以接入还在运行的军事卫星，意外发现美国已经偷偷和宇宙的神族文明取得了联系，神族文明的外交舰队已在百年前出发，现在已进入银河系的边缘。神族文明发现地球文明已经不复存在。同时ari当时备份在宇宙空间站的系统错误判定神族文明的来意，希望他们能帮助人类重建家园。然而神族文明却已开始了殖民地球的计划。外交舰队的任务是消灭地球残留文明建立新的秩序。天空人和地表人将如何利用地球倒退的文明击败宇宙神族将是本季的亮点。基本剧情设定，神族文明也是碳基生物，具有和人类相似的外形，其武器也是基于量子力学开发的，只不过比人类当年科技全胜的要先进。神族文明当年和地球文明互相发现后，认为地球文明的科技具有爆炸性，未必能在到达地球后仍保持技术领先，不过由于对于未知世界的好奇，他们派出了2艘星舰和1w名神族战士的外交舰队。